شيوه اجتهادى حضرت آية اللّه العظمى جنّاتى، تفريعى و تطبيقى مى باشد ، كه در آن ، هدف از اجتهاد ، شناخت فروع و مصاديق قوانين و اصول كلى احكام ، و ارتباط ميان آن دو است . اجتهاد تفريعى و تطبيقى ، شكل تحول يافته اى از اجتهاد در منابع است كه دگرگونى زمان و مكان ، و پيدايش مسائل تازه آن را ايجاب كرده است . در اين شيوه از اجتهاد ، همراه با مراجعه به منابع شرعى ، ابعاد قضايا به خوبى سنجيده مى شود . ملاكات احكام و عناوينى كه بالذات و در بستر زمان ، موضوع براى احكام قرار گرفته اند و نيز ويژگى هاى درونى و بيرونى موضوع بررسى مى گردد ، سپس در صورت تغيير در موضوع يا قيود و شرايط آن ، حكم نيز تغيير خواهد كرد و گرنه حكم همچنان ثابت باقى خواهد ماند ، زيرا حكم بر روى موضوعش ثابت است « حلال محمد حلال الى يوم القيامة و حرام محمد حرام الى يوم القيامة » . چنانكه انفكاك معلول از علت و عرض از معروض امكان ندارد ، انفكاك حكم از موضوعش نيز امكان ندارد و موضوع به منزله علت براى حكم است .

در اين شيوه كه ويژگى هاى درونى و بيرونى موضوع ، ملاك و عناوين احكام به دقت بررسى مى شوند ، تحول زمان و مكان در تحول آنها داراى نقشى بسزا مى باشند ، زيرا تحول زمان و مكان در تغيير نفس احكام الهى اگرچه دخالتى ندارند ـ زيرا زمان و مكان جزء موضوع حكم نمى باشند بلكه ظرف براى آن مى باشند ـ ولى در تحول موضوع يا ويژگى ها و شرايط آن و در تحول ملاك حكم آن و نيز در مشخص كردن آنها در مقام تفريع و تطبيق اثر مى گذارند . معظم له در باب تحول اجتهاد بر اساس ادله شرعى در صورت تحول موضوع و يا ويژگى ها و يا ملاك حكم موضوع ـ و البته نه تحول احكام ـ به دگرگونى زمان و مكان ، مقالات و كتاب هاى ارزنده اى به تحرير در آورده اند مانند ادوار اجتهاد كه مى تواند مراجعه به آن براى خوانندگان ، مفيد افتد .

در اينجا به نمونه اى از اجتهاد تفريعى و تطبيقى اشاره مى كنيم : صحت خريد و فروش در شرع مقدس ، منوط به وجود ارزش و فايده و نيز ماليّت براى چيزى است كه مورد خريد و فروش قرار مى گيرد . بر اين اساس ، خون به دليل آنكه در گذشته از چيزهايى بود كه ارزش و ماليّت نداشت و استفاده حلال از آن ناممكن بود ، خريد و فروش آن حرام دانسته مى شد . اما امروزه با پيدايش ابزار نوين پزشكى مى بينيم كه بر خون فوايد بسيار بار است و ويژگى هاى آن تغيير پيدا كرده است ، زيرا با استفاده از آن مى توان بيمارى را از مرگ نجات داد . اين تغيير ويژگى ها موجب تغيير در حكم آن نيز مى شود و آن را از حيطه ادله حرمت خارج مى كند و در حيطه اصل و دليل ديگر داخل مى كند و همينطور است حكم خريد و فروش اعضاى بدن انسان و ...